Nykyteorian mukaan hypotalamus käynnistää migreenikohtauksen. Se on autonomisen hermoston säätelijä ja kehon tasapainotilan (homeostaasi) sensori, ja sopii siten erinomaisesti episodisen taudin ajuriksi. Teorian mukaan hypotalamus aistii häiriöt kehon homeostaasissa ja palauttavat tasapainon autonomisen hermoston heijasteilla. Migreenissä autonominen hermosto reagoi poikkeavan voimakkaasti ja migreenirefleksi laukeaa suhteettoman herkästi. Kohtauksen aikana nimenomaan parasympaattinen hermosto ottaa vallan sympaattiseen verrattuna.
Video 1. Migreenikohtauksen käynnistyminen.